El desarrollador principal de Assassin's Creed Shadows asegura a los jugadores que elegir un solo protagonista no comprometerá la experiencia del juego central. Los jugadores pueden seleccionar Naoe, una mujer shinobi o Yasuke, un samurai africano histórico, una elección que ha generado una discusión previa a la liberación.
Surgieron preocupaciones de que centrarse en un personaje podría conducir a faltar puntos de trama cruciales o juego. El director creativo Jonathan Dumont abordó estas preocupaciones, describiendo su propio enfoque equilibrado: "Cambio entre personajes, tal vez 3-5 horas con uno, luego 2-3 con el otro".
Sin embargo, Dumont aclaró que una preferencia por un personaje no obstaculizará significativamente el progreso. Si bien cada protagonista cuenta con secuencias de apertura únicas y historias personales, el juego se ajusta dinámicamente a la elección del jugador. Él alienta a los jugadores a priorizar a su personaje preferido: "No se perderás mucho. Depende de tu estilo de juego. Vea cómo el juego se adapta a la elección de tu personaje. Cada uno tiene introducciones y misiones únicas, pero la experiencia principal sigue siendo flexible. Elige tu favorito ; la historia se adaptará ".