Le développeur principal d'Assassin's Creed Shadows assure aux joueurs que le choix d'un seul protagoniste ne comprometra pas l'expérience de jeu de base. Les joueurs peuvent sélectionner Naoe, un shinobi féminin ou Yasuke, un samouraï africain historique - un choix qui a généré une discussion pré-libérée.
Des inquiétudes se sont présentées que se concentrer sur un personnage pourrait conduire à manquer des points de tracé cruciaux ou un gameplay. Le directeur créatif Jonathan Dumont a répondu à ces préoccupations, décrivant sa propre approche équilibrée: "Je bascule entre les personnages, peut-être 3-5 heures avec l'un, puis 2-3 avec l'autre."
Cependant, Dumont a précisé qu'une préférence pour un caractère ne gênera pas de manière significative les progrès. Alors que chaque protagoniste possède des séquences d'ouverture uniques et des scénarios personnels, le jeu s'adapte dynamiquement au choix du joueur. Il encourage les joueurs à hiérarchiser leur personnage préféré: "Vous ne manquerez pas beaucoup. Cela dépend de votre style de jeu. Voyez comment le jeu s'adapte à votre choix de personnage. Chacun a des introductions et des quêtes uniques, mais l'expérience principale reste flexible. Choisissez votre préféré ; l'histoire s'adaptera. "