Nhà phát triển chính của Assassin Creed Shadows đảm bảo cho người chơi rằng việc chọn một nhân vật chính sẽ không thỏa hiệp trải nghiệm trò chơi cốt lõi. Người chơi có thể chọn Naoe, một nữ Shinobi, hoặc Yasuke, một samurai châu Phi lịch sử-một lựa chọn đã tạo ra thảo luận trước khi phát hành.
Những lo ngại nảy sinh rằng việc tập trung vào một nhân vật có thể dẫn đến việc bỏ lỡ các điểm cốt truyện quan trọng hoặc trò chơi. Giám đốc sáng tạo Jonathan Dumont đã giải quyết những mối quan tâm này, mô tả cách tiếp cận cân bằng của riêng mình: "Tôi chuyển đổi giữa các nhân vật, có lẽ 3-5 giờ với một, sau đó 2-3 với người kia."
Tuy nhiên, Dumont làm rõ rằng một ưu tiên cho một nhân vật sẽ không cản trở tiến trình đáng kể. Mặc dù mỗi nhân vật chính tự hào có các chuỗi mở đầu và cốt truyện cá nhân duy nhất, trò chơi sẽ linh hoạt điều chỉnh theo lựa chọn của người chơi. Anh ấy khuyến khích người chơi ưu tiên nhân vật ưa thích của họ: "Bạn sẽ không bỏ lỡ nhiều. Nó phụ thuộc vào phong cách chơi của bạn. Xem cách trò chơi thích nghi với sự lựa chọn nhân vật của bạn. Mỗi người có những lời giới thiệu và nhiệm vụ độc đáo, nhưng trải nghiệm chính vẫn linh hoạt. ; câu chuyện sẽ thích nghi. "